南大東島の面積は北大東島の倍以上で、人口も約2倍です。集落の外れには気象台があり、島の名前は台風情報の時にしばしば登場します。島の構造は北大東島と同様で、周囲は切り立った崖で囲まれているため、浜辺が東西に人工的に切り開かれ、遊泳のためのプールも作られています。珊瑚で形成された島の内部には鍾乳洞もあります。「バリバリ岩」は島北部にある岩の裂け目で、戦時中は上空から見付かりにくい監視場所として使われていた場所で、正午前後しか日が差し込まないそうです。